新冠病毒发生基因突变,发源地、宿主仍待明确

3月3日,科学出版社出版的综合性英文学术期刊《国家科学评论》,刊发题为《关于新冠病毒的起源和持续进化》的论文。文章显示,研究人员共在103株测序毒株的149个位点发现了突变。

“这意味着,新冠病毒发生了基因序列突变。”香港大学新发传染性疾病国家重点实验室深圳分室副主任朱华晨向新京报记者分析称,目前,变异并不算大,但也不能轻视,要警惕这些突变可能产生的病毒表型和行为的变化。比如,对人体的致病性、影响的器官部位、排毒的时间、途径,还有传播能力的改变等。

新冠肺炎疫情发生以来,《柳叶刀》、《新英格兰医学杂志》、《科学》等科研杂志网站,陆续上线多篇相关论文,对病毒来源、疫情发展、临床特征等方面进行解析。

新京报记者梳理发现,至少两篇论文提出,2019年12月,新冠病毒已在武汉发生人际传播。武汉华南海鲜市场被视为早期病例的主要感染来源地,但2019年12月1日发病的一名患者并无该市场暴露史,这为病毒来源打上了问号。

美国乔治敦大学传染病学专家丹尼尔·卢西(Daniel Lucey)分析,在2019年12月下旬华南海鲜市场出现大量确诊病例之前,病毒可能已经悄悄地在武汉人与人之间传播,也有可能在武汉之外的地方。即病毒可能从其他地方进入武汉华南海鲜市场。

对于病毒起源,学界普遍认为,新冠病毒系自然起源,是一种动物源性病毒。目前的全基因组基因序列系统进化分析结果显示,蝙蝠可能是该病毒的宿主,但中间宿主尚未查明。

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新冠病毒发生基因突变,发源地、宿主仍待明确

1月27日,国家病原微生物资源库公布首株环境样本分离的新型冠状病毒信息。来自中国疾控中心官网

武汉华南海鲜市场可能并非新冠肺炎疫源地

2019年12月31日,武汉市卫健委通报称,近期,部分医疗机构发现接诊的多例肺炎病例与华南海鲜市场有关联。自此之后,该市场成为新冠病毒溯源研究的重点。

2020年1月27日,中国疾控中心病毒病所公布新冠病毒溯源研究阶段性进展:首次从武汉华南海鲜市场的585份环境样本中,检测到33份样品含有新型冠状病毒核酸,并成功在阳性环境标本中分离病毒。调查显示,此前该市场中有非法售卖野生动物现象。“高度怀疑此次疫情与野生动物交易有关。”

1月28日,中疾控更新的《2019新型冠状病毒疫情进展和风险评估》中强调,病毒从动物到人的溢出和完成适应性变异过程,是否发生在武汉华南海鲜批发市场,尚需进一步证实,但武汉华南海鲜批发市场,是疫情早期病例的主要感染来源地。

新冠病毒发生基因突变,发源地、宿主仍待明确

武汉华南海鲜批发市场。新京报记者 游天燚 摄

武汉市金银潭医院副院长黄朝林、中日友好医院呼吸与危重症医学科主任曹彬、北京地坛医院传染病临床研究中心教授李兴旺等多位专家,于1月24日发表在医学期刊《柳叶刀》的论文,分析了新冠肺炎患者的临床特征。该论文的研究对象——41名患者系武汉市首批确诊的新冠肺炎病例,其中66%(27例)有华南海鲜市场接触史,其余均无。

值得注意的是,该论文中提及的41名患者中,有一名患者从2019年12月1日开始出现症状。这是目前公开资料中最早发病的病例。但其并无华南海鲜市场暴露史,家人也没有出现发热和呼吸道疾病。“首例病例和后续病例之间,没有发现流行病学关联。”

这名于2019年12月1日出现症状的患者,引起多位研究人员的关注。当地时间2020年1月26日,《科学》杂志网站报道称,武汉华南海鲜市场可能并非新冠肺炎的疫源地。

美国乔治敦大学传染病学专家丹尼尔·卢西(Daniel Lucey)分析,在2019年12月下旬华南海鲜市场出现大量确诊病例之前,病毒可能已经悄悄地在武汉人与人之间传播,也有可能在武汉之外的地方。

美国斯克利普斯研究所进化生物学家克里斯蒂安·安德森(Kristian Andersen)分析认为:可能有人在华南海鲜市场之外感染了病毒,之后带入该市场;也有可能病毒来源于进入该市场的被感染的动物。

新冠病毒发生基因突变,发源地、宿主仍待明确

1月24日,武汉市金银潭医院副院长黄朝林等专家在《柳叶刀》上发表论文。论文分析了41名武汉首批确诊的新冠肺炎患者的临床特征。论文显示,最早的确诊病例无武汉华南海鲜市场接触史,发病时间为2019年12月1日。论文截图

基因突变未必会明显改变病毒功能与行为

病毒究竟从何而来,目前仍无定论。但学界普遍认为,新冠病毒系自然起源,是一种动物源性病毒。

2月19日,《柳叶刀》在线发表的一篇通讯文章中,来自8个国家的27名公共卫生领域科研人员签署声明,谴责“新冠病毒并非自然起源”的阴谋论。

国家卫健委2月29日发布的《中国-世界卫生组织新型冠状病毒肺炎(COVID-19)联合考察报告》显示,新型冠状病毒具有冠状病毒家族的典型特征,属于β-冠状病毒。

上述报告指出,对新冠病毒的全基因组序列和已有的其他β-冠状病毒的全基因组序列进行一致性比对后显示,该病毒与蝙蝠携带的SARS样冠状病毒RaTG13株全基因组亲缘关系最近,同源性为96%。此亦为中国科学院武汉病毒研究所研究员石正丽团队的研究结论。相关论文1月末已发布在bioRxiv预印版平台,2月初《自然》杂志收稿、在线发布。

《柳叶刀》1月30日在线发表的中疾控研究团队论文,也认为新冠病毒的原始宿主可能是蝙蝠,中间宿主未明。虽然另有研究称穿山甲或是潜在的中间宿主,但目前仍不能确定。

上述中国与世卫组织联合考察报告也强调,新冠病毒是一种动物源性病毒。目前的全基因组基因序列系统进化分析结果显示,蝙蝠似乎是该病毒的宿主,但中间宿主尚未查明。该报告附件中还称,对病毒的动物来源和天然宿主、初始阶段动物到人的感染过程、早期暴露史不详的病例等传染源方面的问题仍存知识局限。

而找到人类感染的直接源头与动物宿主,才能从根本上切断传染源与传播链。此前,香港大学新发传染性疾病国家重点实验室深圳分室副主任朱华晨,接受新京报记者采访时曾如此分析。

冠状病毒是正链RNA病毒,易于发生突变与重组。世卫组织总干事谭德塞1月下旬亦曾提醒,防控工作还要考虑病毒随时可能出现的基因突变。

3月3日,科学出版社出版的综合性英文学术期刊《国家科学评论》(National Science Review),刊发了论文《关于新冠病毒的起源和持续进化》,来自北京大学生命科学学院生物信息中心等科研机构的研究人员,通过对103株新冠病毒基因组的群体遗传学分析,发现新冠病毒演化出两种主要类型(L型和S型)。武汉市疫情暴发初期以L型流行为主,2020年1月初以后L型流行频率下降。此外,研究团队共在103株测序毒株的149个位点发现了突变。

新冠病毒发生基因突变,发源地、宿主仍待明确

刊发在《国家科学评论》(National Science Review)的论文《关于新冠病毒的起源和持续进化》。网页截图

对此,朱华晨向新京报记者分析,不是说所有突变点都集中于一株病毒,而是说已知的103株病毒凡有不同的位点,统统罗列出来,共有149个位点不同。这意味着,新冠病毒发生了基因序列突变,但变异并不算大。“这在RNA病毒复制、演化上属于比较正常的现象。”很多突变可能没有生物学意义,也就是说未必会明显改变病毒的功能与行为。

但她强调,也不能轻视病毒的变异,因为冠状病毒是正链RNA病毒,易于发生突变与重组,要密切留意关键基因位点上的变化,持续监测病毒的演化方式,并警惕这些突变可能产生的病毒表型和行为的变化。比如,对人体的致病性、影响的器官部位、排毒的时间、途径,还有传播能力的改变等,都需要重点关注。

去年12月中旬已发生人际传播,存在无症状感染者

1月20日,国家卫健委高级别专家组组长、中国工程院院士钟南山公开表示,根据目前的资料,可以证实新冠病毒存在人传人现象。他介绍,广东有2个病例,没去过武汉,但家人去过武汉后染上了新冠肺炎。

同日晚间,广东珠海市卫生健康局披露了一起家庭聚集性病例。父母亲于1月11日自武汉乘坐高铁到珠海女儿家,1月15日父亲感到不适就诊,1月17日初步诊断为新冠肺炎疑似病例,母亲及女儿也先后出现发热等症状,后均确诊。

就在当天早些时候(1月20日凌晨2时许),广东省卫健委在官网披露,国家卫健委前一日确认该省首例新冠肺炎确诊病例。患者是家住深圳的66岁男性,2019年12月29日曾到武汉探亲。根据深圳市卫健委后来披露的信息,这也是一起家庭聚集性病例。该男子与妻子、女婿、外孙等从武汉探亲返深后,没去过武汉的亲家母也感染了。

《柳叶刀》1月24日在线发表的一篇家庭聚集性病例研究论文中,香港大学李嘉诚医学院微生物学系、香港大学深圳医院临床微生物及感染控制科研究人员详细分析了上述深圳病例。在前往武汉的6名家属中,有5人被确认感染了新冠病毒。在武汉期间,这6名家庭成员都没有接触过动物,也没有去过包括华南海鲜市场在内的市场。但有2人去过武汉一家医院,探望因高热性肺炎住院的亲属。

新冠病毒发生基因突变,发源地、宿主仍待明确

有武汉旅行史的返深圳家庭中,多名家庭成员呈现肺部多发磨玻璃样改变,其中10岁的患者为无症状感染者。论文截图

一家人返回深圳后,女儿、女婿及孩子和亲家母住在一起。1月8日,亲家母出现背痛、全身无力等症状,在当地一医院接受头孢克洛治疗后无好转,并出现发烧、干咳等症状,于1月11日再次就诊。而她在过去14天内并未去过武汉或深圳市场,后确诊新冠肺炎。

论文分析道,存在几种传播可能性。其中最可能的情况是,在武汉某医院探望亲属时未戴口罩的孩子外婆被感染,一家人返回深圳后将病毒传染给孩子奶奶。“研究表明,这种新型冠状病毒可能在家庭、医院存在人传人现象,并可能在城市间传播,因此在流行早期阶段就应警惕,采取措施加以控制。”

值得注意的是,这起家庭聚集性病例中,还有一例无症状感染者(10岁)。上述论文提出,尽早隔离病人、追踪和隔离接触者至关重要,因为如10岁患者所示,可能存在无症状感染。

医学期刊《新英格兰医学杂志》1月29日在线发表的新冠肺炎初期传播动力学论文证实,密切接触者之间的人际传播从12月中旬开始已经发生,并在此后一个月内逐渐散播。“我们估计R0(基本传染数)约为2.2,这意味着每例患者平均将感染传给了另外2.2人。”

该论文申明,对R0的估计仅限于1月4日之前,论文作者来自中国疾控中心等单位,据称是根据截至1月23日上报的425例确诊病例(包括15名医务人员)所做的回顾性分析。

钟南山1月20日曾提到有医务人员感染,“围绕一个感染者病例,因为护理各方面(情况),有14名医务人员感染。”这也被视为明确的人传人证据。

据中国-世界卫生组织联合考察组了解,大多数医务人员感染是发生在武汉疫情暴发早期,“当时应对这种新疾病的物资和经验较为缺乏。”

尚无经过证实的特异性抗病毒或免疫调节药物可改善预后

据国家卫健委3月3日印发的《新型冠状病毒肺炎诊疗方案(试行第七版)》目前所见传染源主要是新型冠状病毒感染的患者,无症状感染者也可能成为传染源。

经呼吸道飞沫和密切接触传播是主要的传播途径。在相对密闭的环境中长时间暴露于高浓度气溶胶情况下存在经气溶胶传播的可能。由于在粪便及尿中可分离到新型冠状病毒,应注意粪便及尿对环境污染造成气溶胶或接触传播。易感人群方面,普遍易感。

基于目前的流行病学调查,潜伏期1-14天,多为3-7天。以发热、干咳、乏力为主要表现。少数患者伴有鼻塞、流涕、咽痛、肌痛和腹泻等症状。

中国疾控中心2月17日在《中华流行病学杂志》网站预发表的论文,对截至2月11日中国内地报告所有病例的流行病学特征进行了描述和分析。在44672例确诊病例中,大多数年龄在30~79岁(86.6%),湖北省(74.7%),轻症病例为主(80.9%)。确诊病例中,死亡1023例,粗病死率为2.3%。在死亡病例中,大多数为60岁及以上患者,且患有基础性疾病,如高血压、心血管疾病和糖尿病等。

新冠病毒发生基因突变,发源地、宿主仍待明确

截至2020年2月11日新型冠状病毒肺炎确诊病例报告日期、发病日期流行曲线。图片来自《中华流行病学杂志》网站

上述论文发病流行曲线还显示,2019年12月发病的病例,可能为小范围暴露传播模式;2020年1月,可能是扩散传播模式。在1月23-26日左右达到峰值,并且观察到发病数下降趋势。

另据国家卫健委2月29日发布的《中国-世界卫生组织新型冠状病毒肺炎(COVID-19)联合考察报告》,截至2月20日,55924例实验室确诊病例中有2114例死亡,粗病死率为3.8%。粗病死率因地区和传播强度而异,武汉5.8%,中国其他地区0.7%。且疫情暴发早期较高,随着时间推移有所下降,“联合考察组注意到医疗服务水平在疫情进展过程中发生了变化。”

武汉市金银潭医院等医疗机构临床医生,整理99例患者流行病学及临床特征时,曾提及患者治疗方面的问题,相关论文于1月29日发表在《柳叶刀》。

论文提到,新冠病毒可能主要作用于淋巴细胞,特别是T淋巴细胞,SARS时也是如此。病毒可能在体内诱发细胞因子风暴,产生一系列免疫反应。一些患者病情发展迅速,出现急性呼吸窘迫综合征(ARDS)和败血性休克,最终导致多器官衰竭。“因此,早发现并及时处理危重病例至关重要。”该论文提出,建议静脉注射免疫球蛋白以增强重症患者的抗感染能力。

“目前,尚无经过证实的特异性抗病毒或免疫调节药物可改善预后。”上述中国-世界卫生组织联合考察报告称,诊疗方案内容包括按临床严重程度采取支持治疗,以及试验性治疗如磷酸氯喹、洛匹那韦/利托那韦等。对危重者应用插管/无创通气和ECMO可以提高生存率。

据国家卫健委公布的最新情况,截至3月3日24时,据31个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团报告,现有确诊病例27433例(其中重症病例6416例),累计治愈出院病例49856例,累计死亡病例2981例,累计报告确诊病例80270例,现有疑似病例520例。累计追踪到密切接触者666397人,尚在医学观察的密切接触者36432人。

累计收到港澳台地区通报确诊病例152例:香港特别行政区100例(出院37例,死亡2例),澳门特别行政区10例(出院9例),台湾地区42例(出院12例,死亡1例)。

新京报记者 王洪春 吴淋姝 编辑 赵凯迪

值班编辑 潘佳锟 校对 李立军

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